Vòng loại năm nay có 24 đội tham dự, được chia thành 6 bảng để thi đấu 2 lượt. Bốn đội đứng nhất ở 4 bảng cùng với 3 đội đứng nhì có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền vào chơi VCK. 

VCK  U17 QG - Cúp Thái Sơn Nam 2018 sẽ được tổ chức tại Trung tâm VPF (Văn Giang, Hưng Yên). Để đảm bảo sự hợp lý trong công tác tổ chức, sân bãi nên VCK U17 QG - Cúp Thái Sơn Nam 2018 chỉ có 8 đội tham dự, thay vì 12 đội như các VCK gần đây. Lễ công bố nhà tài trợ chính và bốc thăm, chia bảng, xếp lịch thi đấu của VCK sẽ diễn ra vào ngày mai (20/6).