Cựu danh thủ của Bayern và ĐT Đức bắt đầu dẫn dắt Paderborn hồi tháng 10 năm ngoái. Tuy nhiên, Effenberg chỉ giành được 2 chiến thắng đầu tiên cùng Paderborn và kể từ đó tới nay, đội bóng này không biết đến chiến thắng. Thậm chí, Paderborn đang phải đối mặt với nguy cơ xuống chơi ở giải hạng Ba khi mới chỉ giành được 19 điểm sau 24 vòng đấu.

Quá thất vọng với thành tích của Paderborn và để tránh thảm cảnh xuống hạng, BLĐ đội chủ sân Benteler Arena đã quyết định sa thải Effenberg sau 5 tháng làm việc. Ngoài yếu tố chuyên môn, Paderborn cũng buộc phải sa thải Effenberg vì ông vẫn chưa có giấy phép huấn luyện hợp lệ. 

Paderborn lần đầu tiên trong lịch sử được lên chơi tại Bundesliga năm 2014 nhưng họ đã lại phải xuống hạng sau khi Bundesliga 2014/15 khép lại.

Khi còn là cầu thủ, Effenberg đã có 169 lần khoác áo Bayern và 35 lần khoác áo ĐT Đức.