Căn cứ vào danh sách 21 đội bóng đăng ký tham dự vòng loại, BTC giải đã chia thành 4 bảng. Cụ thể ở Bảng A, do Công ty CPTT T&T đăng cai tổ chức, gồm 6 đội: Hà Nội T&T, Công An Nhân Dân, Nam Định, Quảng Ninh, Thanh Hóa và Viettel. Ở Bảng B, do Công ty CPĐT QNK Quảng Nam đăng cai tổ chức, gồm 5 đội: Quảng Nam, Bình Định, Khánh Hòa, Quảng Ngãi và Sông Lam Nghệ An.

Bảng C do Sở VHTT&DL Đắk Lắk đăng cai tổ chức, gồm 5 đội: Đắk Lắk, Becamex Bình Dương, Đồng Nai, Lâm Đồng và PVF. Và Bảng D, do Trung tâm TDTT Thống Nhất đăng cai tổ chức, gồm 5 đội: TP.Hồ Chí Minh, An Giang, Đồng Tháp, Long An và Tiền Giang.

21 đội ở 4 bảng sẽ thi đấu vòng loại để chọn ra 6 đội bóng có thành tích tốt nhất (4 đội nhất bảng cùng 2 đội nhì bảng có điểm số cao nhất), cùng 2 đội được miễn đấu loại là ĐKVĐ SHB Đà Nẵng và địa phương đăng cai là Huế, tham dự vòng chung kết diễn ra trên sân vận động Tự Do (TP.Huế) từ ngày 16 đến 25/7/2014.

Theo thông báo từ BTC, đội vô địch VCK U17QG báo Bóng đá – Cúp Thái Sơn Nam 2014 sẽ nhận được Cúp, Huy chương vàng, bảng danh vị và giải thưởng 100.000.000đ. Đội đứng thứ Nhì sẽ nhận Huy chương bạc, bảng danh vị và giải thưởng 60.000.000đ. Hai đội đồng giải Ba sẽ nhận Huy chương đồng, bảng danh vị và giải thưởng 40.000.000đ/đội. Ngoài ra, BTC còn trao giải phong cách có giá trị giải thưởng 15.000.000đ. Về các danh hiệu cá nhân gồm có: Tổ trọng tài hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ VCK, Cầu thủ xuất sắc nhất VCK , Cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất VCK và Thủ môn xuất sắc nhất VCK sẽ nhận 5.000.000đ.