Godin gia nhập Atletico từ Villarreal năm 2010 với giá 6,6 triệu bảng rồi dần dần trở thành mắt xích không thể thay thế trong sơ đồ chiến thuật của HLV Diego Simeone. 

Suốt 9 năm miệt mài cống hiến cho Rojiblancos, trung vệ 33 tuổi đã ra sân 380 trận, góp công giúp đội bóng vô địch Cúp Nhà Vua năm 2013, La Liga năm 2014 và về nhì tại Champions League 2014 cùng 2016.

Godin sẽ đáo hạn hợp đồng với Atletico vào cuối mùa này và anh sẽ ra đi theo dạng tự do. Hiện chưa rõ điểm đến tiếp theo của tuyển thủ Uruguay song theo nhiều nguồn tin, Inter Milan sẵn sàng trả anh mức lương 10 triệu bảng/năm kèm bản hợp đồng có thời hạn 2 năm.

Vào ngày 12/5 tới, Atletico sẽ chạm trán Sevilla ở sân nhà Wanda Metropolitano và đây cũng là trận cầu chia tay của Godin với người hâm mộ nửa đỏ thành Madrid. Atletico sẽ kết thúc mùa giải 2018/19 bằng chuyến làm khách trước Levante vào ngày 19/5 ở vòng 38 La Liga.