Samper gia nhập lò đào tạo La Masia trứ danh của Barca năm lên 6 tuổi và từng được đánh giá sẽ là người kế nhiệm Sergio Busquets trong tương lai. Thế nhưng, lộ trình này đã không đi đúng tiến hướng khi Samper chỉ ra sân vỏn vẹn 9 lần cho gã khổng lồ xứ Catalan trong 4 năm. Mùa này, cầu thủ 24 tuổi mới chơi 33 phút, đó là ở chiến thắng 1-0 của Barca trước Cultural Leonesa tại Cúp Nhà Vua.
Ở mùa giải 2016/17, Samper dành cả mùa chơi cho Granada theo dạng mượn trước khi chuyển đến Las Palmas vào mùa 2017/18 nhưng không để lại nhiều ấn tượng. Nhận thấy mình không còn tương lai ở Barca cộng thêm sắp đáo hạn hợp đồng (kết thúc vào tháng 6/2019), Samper đã quyết định sang Nhật Bản khoác áo Vissel Kobe để tiếp tục sự nghiệp.
Tại Kobe, Samper sẽ sát cánh bên cạnh những ngôi sao đình đám một thời gồm đồng đội cũ Andres Iniesta, David Villa và Lucas Podolski. Mới nhất, Kobe đã đánh bại Sagan Tosu - CLB của Fernando Torres - với tỷ số 1-0 và người ghi bàn duy nhất chính là Villa.
