Khi đó Van Dijk mới chỉ 20 tuổi và thi đấu cho FC Groningen (Hà Lan). Sự nghiệp và cả tính mạng của anh có thể đã kết thúc bởi một căn bệnh nghiêm trọng. Sau trận đấu với Excelsior ở Eredivisie, Van Dijk đã cảm thấy không ổn nhưng BLĐ đội bóng cho rằng vấn đề đó không quá nghiêm trọng. Chỉ sau đó một thời gian, người ta mới phát hiện ra Van Dijk đã bị viêm ruột thừa, viêm phúc mạc và nhiễm trùng thận cùng một lúc.
"Virgil đã bị bệnh, nhưng chúng tôi không biết mức độ của nó như thế nào", HLV trưởng Groningen khi đó, Dick Lukkien nói với FourFourTwo trong một cuộc phỏng vấn gần đây. "Lúc đầu chúng tôi nghĩ anh ấy bị cúm. Anh ấy ở nhà vài ngày và cảm thấy rất đau đớn. Virgil đã đến bệnh viện địa phương nhưng họ không thể tìm thấy bất cứ điều gì, vì vậy họ đã để anh ấy quay về nhà”.
"Cơn đau càng trở nên tồi tệ hơn và khi mẹ Virgil đến gặp anh ấy, bà nhận ra tình hình tồi tệ đến mức nào và ngay lập tức đưa anh ấy đến một bệnh viện khác. Tại đây, người ta mới phát hiện ra sự tình đã rất nghiêm trọng”, Lukkien nói thêm. "Tôi đã bị sốc. Khi Virgil quay trở lại câu lạc bộ, anh ấy đã có nhiều thay đổi và trở nên yếu đi rất nhiều. May mắn là anh ấy đã phục hồi khá nhanh".
Van Dijk đã buộc phải phẫu thuật và phải ngồi ngoài trong hai tháng cuối của mùa giải để có thể hồi phục hoàn toàn. Nhưng trong quá trình chữa trị, trung vệ của Liverpool từng có lúc bi quan đến mức viết di chúc để mẹ của mình có thể được chăm sóc đầy đủ nếu như anh ra đi. May mắn là Van Dijk đã vượt qua tất cả và trở thành một trong những hậu vệ xuất sắc nhất thế giới như hiện tại.