Juninho là một tượng đài trong lịch sử Lyon với 343 trận và 100 bàn thắng. Thế nên cựu tiền vệ người Brazil được chào đón nồng nhiệt khi trở lại Lyon ngồi ghế GĐTT vào tháng 5/2019. Trong nhiệm kỳ hai năm rưỡi vừa qua, Juninho ghi dấu ấn với việc Lyon lọt vào bán kết Champions League 2019/20, chiêu mộ được tiền vệ đồng hương Lucas Paqueta.
Song về toàn thể, Juninho làm việc kém hiệu quả. Việc bổ nhiệm Sylvinho vào ghế HLV trưởng (tháng 5/2019) là một sai lầm lớn. Vị HLV đồng hương của Juninho không thể nắm bắt và thích nghi được với Lyon và mất việc chỉ sau 5 tháng.
Juninho sau đó mang về Rudi Garcia một HLV rất giàu kinh nghiệm tại Ligue 1. Nhưng vị GĐTT người Brazil lại phát sinh mâu thuẫn với Garcia, không đứng ra bảo vệ cầu thủ và HLV trong các thất bại và rất kém trong việc thúc đẩy tinh thần toàn đội nếu so với người tiền nhiệm lừng danh Bernard Lacombe.
HLV hiện tại Peter Bosz cũng là một lựa chọn kém thuyết phục của Juninho, khi Lyon đã tụt xuống thứ 12 Ligue 1 sau 16 trận với vẻn vẹn 22 điểm. Nhìn chung công tác bổ nhiệm nhân sự của Juninho là một thảm họa tại Lyon. Tân GĐBĐ Vincent Ponsot, người được Juninho mang về vào mùa hè 2020, cũng không làm tròn trọng trách của mình.
Từ khi Juninho ngồi ghế GĐTT, Lyon đã bị đánh bật khỏi Top 3 Ligue 1. Họ cán đích thứ 7 mùa 2019/20, thứ 4 mùa trước và mùa này đang lụn bại ở vị trí thứ 12. Juninho đến với Lyon ban đầu bằng tình cảm gắn bó với đội bóng cũ, với sự ủng hộ hết lòng của chủ tịch Jean Michel Aulas. Nhưng dần dần, cựu tiền vệ 46 tuổi lộ ra quá nhiều hạn chế trong khâu quản trị, phác thảo chiến lược, tuyển chọn nhân sự. Việc chia tay Lyon là kết cục tất yếu cho huyền thoại của CLB.
