Trước khi chuyển từ Malaga sang Real Madrid vào mùa Hè 2013, Isco đã trưởng thành từ lò đào tạo của Valencia. Năm 2006, tiền vệ 25 tuổi đã gia nhập đội trẻ của Valencia ở tuổi 14. Cũng chính bởi luôn tỏ ra vượt trội so với những đồng đội cùng trang lứa ở Valencia B nên ít lâu sau, Isco đã được Malaga mua về với giá 4 triệu euro vào mùa Hè 2011. GĐTT Marchan của Malaga khi ấy từng bị CLB này chỉ trích vì tội bỏ ra 4 triệu euro cho một cầu thủ… không có gì đặc biệt.

Tất nhiên Isco cũng cảm thấy khó chịu với những ánh mắt hoài nghi về năng lực của anh khi ấy, và để cho mọi người ở Malaga thấy rằng họ mua anh về là không sai lầm. Isco đã nhanh chóng chơi rất ấn tượng trong 2 mùa giải (2011 đến 2013) ở đây khi đóng góp được 14 bàn sau 69 trận ở La Liga cho đội bóng xứ Andalusia.

Phong độ ấn tượng của Isco, đặc biệt là ở mùa giải 2012/13 với 12 bàn thắng trong tổng số 47 trận đấu cho Malaga, đã gây sự chú ý cho Real Madrid trước khi họ quyết định mua anh với giá 30 triệu euro ở đầu mùa giải 2013/14. Nhưng vì ở Real có quá nhiều danh thủ nên Isco cũng rất khó để cạnh tranh. Dù vậy, Isco vẫn được tất cả thừa nhận rằng anh hiện là thủ lĩnh của “đội B” Los Blancos.

Thậm chí, theo nhà báo nổi tiếng Guillem Balague thì Isco thừa sức thay thế Gareth Bale nếu Real muốn trao cho anh cơ hội và bán ngôi sao người Xứ Wales trong kỳ chuyển nhượng Hè này.