Lopetegui sinh ra ở Asteasu, Guipuzcoa, Tây Ban Nha vào ngày 28/8/1966. Ông bắt đầu sự nghiệp bóng đá ở lò đào tạo trẻ Real Sociedad. Vào năm 1985, Real mang về Lopetegui, người khi đó là thủ môn đầy tiềm năng của bóng đá Tây Ban Nha. Thế nhưng, Lopetegui chỉ được bắt chính đúng 1 trận tại La Liga cho Real trước khi rời sân Bernabeu.
Trận đấu đó diễn ra vào ngày 28/4/1990 và là trận derby thành Madrid giữa Real vs Atletico Madrid. Cuộc đụng độ giữa 2 đội thuộc khuôn khổ vòng 37 La Liga mùa 1989/90. Thời điểm đó, Real đã đủ điểm để vô địch giải đấu. Lopetegui ra sân bắt chính và đội hình phía trên ông bao gồm Julio Llorente, Chendo, Fernando Hierro, Jesus Solana, Esteban Granero, Michel, Adolfo Aldana, Rafael Gordillo, Sebastian Losada và Paco Llorente.
Lopetegui có sự nghiệp thất bại tại Real
Lopetegui đã bị Baltazar, Antonio Orejuela và Manolo chọc thủng lưới và Atletico đã có thời điểm dẫn trước 3-1. Nhưng những bàn thắng của Michel và Hierro đã giúp Real kết thúc trận đấu với tỷ số hòa 3-3. Sau mùa 1989/90, Lopetegui gắn bó với Real thêm 1 mùa nữa với tư cách thủ môn thứ 3 dưới cái bóng của Paco Buyo và Pedro Jaro.
Vào năm 1991, Lopetegui đến Logrones và ở đây, ông có màn trình diễn đủ để lọt vào ĐT Tây Ban Nha nhưng vẫn là thủ môn thứ 3. Tân HLV của Real được gọi vào đội hình La Roja dự World Cup 1994 nhưng không được ra sân phút nào. Sau World Cup trên đất Mỹ, Lopetegui chuyển sang Barcelona nhưng thất bại trong việc tìm kiếm suất đá chính. Năm 1997, Lopetegui đến Rayo Vallecano, nơi ông giải nghệ vào năm 2002.
Cũng tại Rayo Vallecano, Lopetegui đã bắt đầu sự nghiệp HLV. Vào mùa 2008/09, ông trở lại Real để đảm trách vai trò tại Real Madrid Castilla. Mười năm sau, Lopetegui đã được bổ nhiệm làm HLV trưởng của Real.
