Do không có thành tích tốt ở giải futsal cúp QG 2015 nên Tân Hiệp Hưng, Hoàng Thư Đà Nẵng, Cao Bằng và Sài Gòn FC phải tham dự vòng loại. 4 đội được bốc thăm thành 2 cặp để thi đấu. Hai đội thắng sẽ giành quyền vào chơi VCK. Hai đội thua sẽ tiếp tục tranh tài với nhau để xác định suất còn lại dự VCK.

Theo kết quả bốc thăm, Hoàng Thư Đà Nẵng sẽ gặp Sài Gòn FC trong khi Cao Bằng sẽ đối đầu với Tân Hiệp Hưng.Vòng loại sẽ diễn ra trong 2 ngày 23 và 24/12 tại nhà thi đấu Thái Sơn Nam Quận 8, TP.HCM.

Ba đội vượt qua vòng sơ loại sẽ cùng 5 đội là Sanatech Khánh Hòa, Thái Sơn Nam, Sanna Khánh Hòa,  Hải Phương Nam Phú Nhuận và Thái Sơn Bắc sẽ được chia thành 4 cặp để đá loại trực tiếp. Ngoài các trận đấu ở vòng tiếp theo để tranh tài ở 3 thứ hạng cao nhất, các đội bị loại sau vòng đấu loại trực tiếp đầu tiên của VCK tiếp tục được chia cặp thi đấu để xác định thứ hạng từ 5 cho đến thứ 7.

VCK sẽ diễn ra tại nhà thi đấu Rạch Miễu, quận Phú Nhuận, TP.HCM từ ngày 27-30/12. Với tư cách là nhà ĐKVĐ nên Hải Phương Nam Phú Nhuận sẽ đá trận khai mạc. Đối thủ của đội bóng này cũng đã được xác định là Thái Sơn Bắc. Đây là cặp đấu được đánh giá gay cấn nhất ở vòng đấu loại trực tiếp của VCK.

Sở hữu lực lượng mạnh với nhiều gương mặt là tuyển thủ QG, ĐKVĐ giải VĐQG 2016 Thái Sơn Nam được nhận diện là ứng cử viên nặng ký nhất cho chức vô địch.