Trước đó, Thiago đã bị rách dây chằng đầu gối trái sau trận hòa 3-3 với Hoffenheim hồi tháng 3/2014. Sau khi về Tây Ban Nha chữa trị, Thiago đã bình phục chóng vánh và trở lại ở vào cuối tháng 5. Tuy nhiên, chính việc trở lại quá sớm đã khiến Thiago tái phát chấn thương, lỡ World Cup 2014 và phải dưỡng thương cho tới nay.

Chấn thương của Thiago khiến Guardiola gặp khó khăn ở cuối mùa giải trước và đầu mùa giải này bởi cầu thủ gốc Brazil là học trò cưng của Pep. Không những vậy, nó còn khiến mối quan hệ giữa Guardiola và bác sĩ Mueller-Wohlfahrt của Bayern xấu đi. Guardiola cho rằng đội ngũ bác sĩ của Bayern đã không hoàn thành tốt nhiệm vụ, trong khi Mueller-Wohlfahrt lại đổ lỗi việc Thiago tái phát chấn thương là bởi HLV này không tin tưởng ông.

Bỏ lại đằng sau những rắc rối đó thì với những tín hiệu mới, Guardiola đã sắp sửa có sự phục vụ trở lại của học trò cưng Thiago. Theo giới chuyên môn, chậm nhất là cuối tháng 9, hoặc đầu tháng 10 Thiago sẽ có thể ra sân trở lại. Điều này sẽ giúp cho Guardiola giải quyết những vấn đề ở hàng tiền vệ khi tân binh Alonso đang bị quá tải còn những cầu thủ trẻ như Rode hay Gaudino chưa hoàn toàn tạo được sự tin tưởng.