Đầu tiên là chấn thương bàn chân của thủ thành Manuel Neuer có dấu hiệu hồi phục chậm. Đội trưởng của Bayern cho hay có thể anh sẽ phải cần tới nửa năm để hồi phục chấn thương. Như vậy, kế hoạch trở lại tập luyện vào tháng 1/2018 của Neuer có thể phải thay đổi và sớm thì vào tháng 3/2018, thủ môn này mới có thể quay trở lại.
Đối với Heynckes thì đây là một vấn đề nhức nhối bởi dự phòng cho Neuer chỉ là Sven Ulreich, một thủ môn hạng xoàng. Trong những trận đấu thất vọng gần đây của Bayern, Ulreich cũng là một phần nguyên nhân khiến mành lưới của đội nhà trở nên mong manh hơn.
Mới nhất, thông tin về chấn thương của Thiago Alcantara cũng khiến Heynckes cảm thấy đau đầu. Tiền vệ của Bayern dính chấn thương khi về tập trung tại ĐTQG Tây Ban Nha. Hiện chưa rõ mức độ chấn thương của Thiago nhưng với cầu thủ vốn có tiền sử chấn thương phức tạp, đây là một tin không hề vui cho Heynckes.
Cũng phải thấy rằng, trong mùa giải thành công 2012/13, Heynckes ưa sử dụng sơ đồ 4-2-3-1 với 2 tiền vệ trung tâm có lối chơi hỗ trợ cho nhau, một thiên về phòng ngự và một tổ chức trận đấu. Ở Bayern thời điểm này, Thiago chính là tiền vệ có khả năng tổ chức tốt nhất. Anh được kỳ vọng sẽ kết hợp với Martinez, cầu thủ Heynckes ưa thích, để tạo thành cặp tiền vệ trung tâm mới cho Hùm xám. Giờ đây, bài toán đó của HLV Heynckes sẽ phải tính lại.
Với Heynckes thì đây có thể xem là những thách thức đầu tiên trong lần thứ 4 nhậm chức “thuyền trưởng” tại Bayern.