Với hành động bỏ cuộc, XMXT.SG bị phạt 100.000.000đ và phải thi đấu ở giải hạng Ba Quốc gia từ mùa giải sau. Toàn bộ kết quả thi đấu của CLB XM Xuân Thành SG với đội bóng khác (nếu có) đều bị huỷ bỏ. Chủ tịch CLB Nguyễn Xuân Thủy bị phạt 10.000.000đ và bị cấm 05 năm tham gia các hoạt động bóng đá do LĐBĐVN tổ chức.

Ngoài ra, XMXT.SG cũng bị phạt do kéo dài việc trả nợ cho Huỳnh Kesley. Theo đó, CLB này bị phạt 5 triệu đồng. Đặc biệt, theo quyết định của Ban kỷ luật, CLB XMXT.SG phải trả tiền cho cầu thủ Kesley Huỳnh Alves theo thoả thuận tại Hợp đồng lao động số 17 ngày 01/02/2010 và Biên bản cuộc họp ngày 14/1/2013 giữa Công ty cổ phần Xuân Thành (CLB Sài Gòn Xuân Thành) với cầu thủ Kesley Huỳnh Alves với số tiền cụ thể là 29.000 USD và 76.900.000đ (Hai mươi chín nghìn Đô-la Mỹ và Bảy mươi sáu triệu chín trăm nghìn đồng).