Sau khi ban hành Điều lệ giải, LĐBĐ Việt Nam (VFF) đã nhận được công văn xin không tiếp tục tham dự giải của các đội U19 Cần Thơ, U19 Đồng Nai và công văn xin tham dự giải của đội U19 Thái Bình. Do vậy, VFF đã có một số thay đổi về danh sách đội bóng. Cụ thể, vòng loại năm nay sẽ có 3 bảng đấu. bảng A sẽ do Trung tâm Thể thao Viettel đăng cai, gồm: Viettel, Công An Nhân Dân, Hà Nội T&T, Nam Định, FLC Thanh Hóa, Sông Lam Nghệ An, Thừa Thiên Huế.
Bảng B sẽ do Sở VH-TT&DL tỉnh Khánh Hòa đăng cai, gồm có: Khánh Hoà, Thái Bình, SHB Đà Nẵng, QNK Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Lâm Đồng. Và bảng C do Quỹ đầu tư phát triển tài năng Việt Nam (PVF) đăng cai sẽ có: PVF, Becamex Bình Dương, Tây Ninh, TP.HCM, Long An, An Giang, Đồng Tháp.
21 đội bóng thi đấu vòng tròn hai lượt (đi - về) tại các địa phương đăng cai, tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng để chọn 3 đội đứng đầu, 3 đội xếp thứ nhì và 2 đội xếp thứ ba có thành tích tốt nhất vào tham dự VCK. Các trận đấu lượt đi sẽ diễn ra từ ngày 11- 26/1 và lượt về từ 23/2- 9/3. Theo dự kiến, VCK sẽ diễn ra từ ngày 18-27/3 và địa điểm sẽ quyết định sau khi vòng loại kết thúc.
Tại VCK U19 QG năm 2015, PVF đã vượt qua HN.T&T trong trận chung kết với tỷ số 4-3 trên chấm phạt đền, sau 90 phút hòa nhau với tỷ số 0-0.
