Hồi cuối tháng 9/2017, trong một buổi tập của Bayern, Neuer đã bị nứt xương bàn chân trái. Thủ thành người Đức có tiền sử chấn thương ở bàn chân này. Vì thế, anh quyết định phẫu thuật để chữa trị dứt điểm chấn thương. Ca mổ khiến Neuer phải ngồi ngoài suốt hơn 6 tháng nay.
Thế nhưng, một tin vui đã đến với fan Bayern và ĐT Đức khi thủ môn tài năng này đã gần bình phục. Trong buổi tập mới nhất của Bayern, Neuer đã nuốt trọn giáo án tập luyện. Anh có thể trở lại trước khi mùa 2017/18 khép lại.
Neuer đang nhắm hồi phục hoàn toàn thể trạng và phong độ cho World Cup 2018 cùng ĐT Đức. Vị trí số một nơi khung gỗ ĐT Đức đang được nắm giữ bởi Marc-Andre ter Stegen. Ter Stegen đang trải qua mùa giải xuất sắc trong màu áo Barca và sẽ là đối thủ cạnh tranh đáng gờm với Neuer ở ĐT Đức.