Cụ thể là vào tháng 4/2017, anh bị gãy xương bàn chân trong trận gặp Real Madrid ở Champions League 2016/17 và phải gắn một đinh vít vào chân để cố định chỗ gãy.
Mới đây, BLĐ Bayern Munich thông báo tin vui khi Neuer đã có những bước đi đầu tiên không cần dùng tới nạng. Lúc này, Neuer đang cố gắng để có thể trở lại sân cỏ sớm nhất. Anh chăm chỉ tập luyện trong phòng phục hồi thể chất dù lúc này Bundesliga đang nghỉ Đông.
Hiện chưa rõ khi nào Neuer sẽ chính thức tái xuất. Dù vậy, thủ thành 31 tuổi tỏ ra rất lạc quan và đặt mục tiêu cùng ĐT Đức tham dự VCK World Cup 2018 ở Nga.