Trong mùa 2016/17, Boateng đã vật lộn với chấn thương, chỉ thi đấu 13 trận tại Bundesliga (đá chính 10 trận). Có lẽ chính vấn đề về sức khỏe của Boateng khiến anh không được HLV Ancelotti sử dụng nhiều. Thế nhưng, Boateng tin rằng anh có thể góp mặt ở một vài trận đấu quan trọng ở mùa trước. Điều này làm nảy sinh mâu thuẫn giữa Boateng và chiến lược gia người Italia.
Vì thế, trung vệ người Đức từng nghĩ tới việc rời Bayern trong kỳ chuyển nhượng hè vừa qua. Anh tiết lộ với tờ Kicker: “Có lẽ Ancelotti đánh giá tôi thấp hơn vì những chấn thương nên tôi không được thi đấu nhiều dưới thời ông ấy. Tôi đã có cuộc trò chuyện với BLĐ về tương lai trong mùa hè vừa qua. Tôi nói bản thân đã nghĩ tới việc ra đi”.
Sau khởi đầu chậm chạp của Bayern ở đầu mùa 2017/18, đội bóng này đã sa thải Ancelotti và thay bằng Heynckes. Boateng hài lòng về sự thay đổi này: “Quyết tâm mang điều gì đó trở lại cho Bayern của Heynckes là điều tích cực. Không có nhiều HLV tạo được sự hiểu biết với cầu thủ về cách tiếp cận, tập luyện và tạo động lực cho họ”.
Ở ngay trận đầu mà HLV Heynckes trở lại, Boateng và các đồng đội đã giúp Bayern giành chiến thắng 5-0 trước Freiburg. Kết quả đó giúp Bayern rút ngắn khoảng cách với đội đầu bảng Dortmund xuống còn 2 điểm.
