Khu ủy Hồng Quảng đã tập hợp một số thanh niên biết chơi bóng đá để thành lập Đội thanh niên Hồng Quảng - hướng thanh niên vùng mỏ mới giải phóng vào sinh hoạt thể thao lành mạnh với sự quan tâm đặc biệt của Khu ủy, Ủy ban hành chính Khu Hồng Quảng (tiền thân của tỉnh Quảng Ninh).
CLB bóng đá này được đổi tên thành Than Quảng Ninh vào năm 1967 (sau khi ghép tỉnh Hồng Quảng và Hải Ninh) và tên chính thức của đội hiện nay là CLB Than Quảng Ninh. T.QN nhận được sự hỗ trợ từ Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam.
Trong quá khứ, T.QN cũng từng tham dự giải A1 (tương tự như giải VĐQG hiện nay) trong suốt những năm 1980. Đội T.QN đã liên tiếp đạt thành tích cao như Vô địch giải chân đất miền Bắc, vô địch hạng B được lên thi đấu ở hạng A vào năm 1962; vô địch hạng A miền Bắc và vô địch giải Tổng công đoàn Việt Nam.
Đến năm 1991, khi giải bước sang giai đoạn 2, đội bóng giải thể sau khi nộp đơn... xin tự xuống hạng vào năm 1996. CLB Than Quảng Ninh đã từng đóng góp cho ĐTQG vào thập niên 1980-1990 một số tuyển thủ như: Nguyễn Đình Hùng A, Nguyễn Đình Hùng B, Mầu, Tòng, Thọ, Giáp, Chuyên...
Do một số nguyên nhân chung của nền bóng đá trong nước, nền bóng đá Quảng Ninh bị chững lại và CLB T.QN ít được quan tâm và đến những năm 2006 phong trào bóng đá Quảng Ninh mới bắt đầu trỗi dậy. Tại giải hạng Nhất, Than QN thường khởi đầu ấn tượng nhưng càng đi về cuối mùa lại rớt xuống giữa BXH. Cho đến mùa 2013, T.QN đã chính thức lên chơi V-League sau khi thi đấu xuất sắc tại giải hạng Nhất.
